夏季修剪是冬季修剪的重要補充。冬季修剪刺激生長，夏季修剪則抑制過度的營養生長，將能量導向果實發育和花芽分化。特別是矮化整形果樹（如矮墻式、扇形、矮化直幹式），夏季修剪是不可或缺的。
修剪時機
仲夏到晚夏進行，當新枝的基部開始木質化時。在台灣中高海拔地區，約在七到八月。太早修剪會刺激二次生長，太晚修剪新枝還未充分木質化。
修剪方法
蘋果的夏季修剪：將當年從主骨架直接長出的側枝，在基部以上三片葉子處修剪（不算基部的那簇小葉）。將從已有側枝上長出的二次側枝，在基部以上一片葉子處修剪。
梨的夏季修剪方式相同，但梨的生長較蘋果旺盛，可能需要在八月底再修剪一次新冒出的枝條。
自由生長的果樹
對於不做矮化整形的一般果樹（灌木型或標準型），夏季修剪不是必須的。但如果樹冠過密，可以在夏季適當疏剪以改善通風和光照，特別是在潮濕的環境中，這有助於減少真菌病害。
核果類的夏季修剪
李子、櫻桃和其他核果類果樹應該在夏季修剪而非冬季，以降低銀葉病（Silver Leaf Disease）的感染風險。銀葉病的真菌孢子主要在秋冬季節傳播，而夏季樹液上升的壓力會將感染向外推出而非向內吸入。對整形核果樹（如扇形李子或扇形桃子），在果實採收後修剪開過花的側枝，保留替換用的新枝並綁固。